Volume : 9, Issue : 6, JUN 2023

NATIONAL CONFERENCE ON INNOVATIONS IN COMPUTING TECHNOLOGIES (NCICT'23)

CHEMOGENOMICS AND CLINICALTRIAL DATA ANALYSIS FOR DRUG DISCOVERY

THARUN KIRUTHIK K S, ARAVIND KUMAR R, PADMASHRI S, KANITHA CHELLAM V

Abstract

The field of chemo genomics seeks to combine chemical and genomic data to improve drug Discovery. This entails employing high-throughput screening techniques to identify small molecules that interact with specific targets and could be used as drug candidates. Analysing clinical trial data is an important step in determining the safety and efficacy of these drug candidates. It entails gathering, managing, and analysing data from clinical trials in order to determine the overall impact of a drug on human health. A comprehensive approach to drug discovery is provided by the combination of chemo genomics and clinical trial data analysis. Scientists can gain a better understanding of the safety and efficacy of potential drug candidates by combining information on molecular interactions between drugs and biological targets with data from clinical trials.

This data can be used to improve the design of future clinical trials, lower the risk of failure and eventually lead to the discovery of new and more effective drugs for a variety of diseases. This approach, known as precision medicine, has the potential to revolutionize the way we approach disease treatment by improving health outcomes and lowering costs associated with ineffective treatments.

Article : Download PDF

Cite This Article

-

Article No : 15

Number of Downloads : 765

References

1. Dhar S. Vemulapalli V. Patananan A. N. Huang G. L. di Lorenzo A. Richard S. Comb M. J. Guo A. Clarke S. G. Bedford M. T. Sci. Rep. 2013; 3:1311. doi: 10.1038/srep01311.

2. Stopa N. Krebs J. E. Shechter D. Cell. Mol. Life Sci. 2015; 72:2041–2059. doi: 10.1007/s00018-015-1847-9.

3. Chung J. Karkhanis V. Tae S. Yan F. Smith P. Ayers L. W. Agostinelli C. Pileri S. Denis G. V. Baiocchi R. A. Sif S. J. Biol. Chem. 2013; 288:35534–35547. doi: 10.1074/jbc.M113.510669.

4. Antonysamy S. Bonday Z. Campbell R. M. Doyle B. Druzina Z. Gheyi T. Han B. Jungheim L. N. Qian Y. Rauch C. Russell M. Sauder J. M. Wasserman S. R. Weichert K. Willard F. S. Zhang A. Emtage S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012;109:17960–17965.

5. Wu T. Millar H. Gaffney D. Beke L. Mannens G. Vinken P. Sommers I. Thuring J.-W. Sun W. Moy C. Pande V. Zhou J. Haddish-Berhane N. Salvati M. Laquerre S. Lorenzi M. V. Brehmer D. Cancer Res. 2018;78:4859

6. Yuan J. Amin P. Ofengeim D. Nat. Rev. Neurosci. 2019; 20:19–33. doi: 10.1038/s41583-018-0093-1.

7. Yuan J. Amin P. Ofengeim D. Nat. Rev. Neurosci. 2019; 20:19–33. doi: 10.1038/s41583-018-0093-1.

8. Tully D. C. Rucker P. v. Chianelli D. Williams J. Vidal A. Alper P. B. Mutnick D. Bursulaya B. Schmeits J. Wu X. Bao D. Zoll J. Kim Y. Groessl T. McNamara P. Seidel H. M. Molteni V. Liu B. Phimister A. Joseph S. B. Laffitte B. J. Med. Chem. 2017;60:9960–9973. doi: 10.1021/acs.jmedchem.7b00907. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

9. Bass J. Y. Caravella J. A. Chen L. Creech K. L. Deaton D. N. Madauss K. P. Marr H. B. McFadyen R. B. Miller A. B. Mills W. Y. Navas F. Parks D. J. Smalley T. L. Spearing P. K. Todd D. Williams S. P. Wisely G. B. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2011; 21:1206–1213. doi: 10.1016/j.bmcl.2010.12.089.

10. Trauner M. Gulamhusein A. Hameed B. Caldwell S. Shiffman M. L. Landis C. Eksteen B. Agarwal K. Muir A. Rushbrook S. Lu X. Xu J. Chuang J. Billin A. N. Li G. Chung C. Subramanian G. M. Myers R. P. Bowlus C. L. Kowdley K. V. Hepatology. 2019; 70:788–801. doi: 10.1002/hep.30509

11. Badman M. K. Chen J. Desai S. Vaidya S. Neelakantham S. Zhang J. Gan L. Danis K. Laffitte B. Klickstein L. B. Clin. Pharmacol. Drug Dev. 2020; 9:395–410. doi: 10.1002/cpdd.762.

12. Oltersdorf T. Elmore S. W. Shoemaker A. R. Armstrong R. C. Augeri D. J. Belli B. A. Bruncko M. Deckwerth T. L. Dinges J. Hajduk P. J. Joseph M. K. Kitada S. Korsmeyer S. J. Kunzer A. R. Letai A. Li C. Mitten M. J. Nettesheim D. G. Ng S. C. Nimmer P. M. O’Connor J. M. Oleksijew A. Petros A. M. Reed J. C. Shen W. Tahir S. K. Thompson C. B. Tomaselli K. J. Wang B. Wendt M. D. Zhang H. Fesik S. W. Rosenberg S. H. Nature. 2005; 435:677–681. doi: 10.1038/nature03579.

13. Boise L. H. González-García M. Postema C. E. Ding L. Lindsten T. Turka L. A. Mao X. Nuñez G. Thompson C. B. Cell. 1993;74:597–608. doi: 10.1016/0092-8674(93)90508-N.

14. Kozopas K. M. Yang T. Buchan H. L. Zhou P. Craig R. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993;90:3516–3520. doi: 10.1073/pnas.90.8.3516.

15. Wilson W. H. O’Connor O. A. Czuczman M. S. LaCasce A. S. Gerecitano J. F. Leonard J. P. Tulpule A. Dunleavy K. Xiong H. Chiu Y. L. Cui Y. Busman T. Elmore S. W. Rosenberg S. H. Krivoshik A. P. Enschede S. H. Humerickhouse R. A. Lancet Oncol. 2010;11:1149–1159. doi: 10.1016/S1470-2045(10)70261-8.

16. Gandhi L. Camidge D. R. de Oliveira M. R. Bonomi P. Gandara D. Khaira D. Hann C. L. McKeegan E. M. Litvinovich E. Hemken P. M. Dive C. Enschede S. H. Nolan C. Chiu Y. L. Busman T. Xiong H. Krivoshik A. P. Humerickhouse R. Shapiro G. I. Rudin C. M. J. Clin. Oncol. 2011; 29:909–916. doi: 10.1200/JCO.2010.31.6208.

17. Roberts A. W. Seymour J. F. Brown J. R. Wierda W. G. Kipps T. J. Khaw S. L. Carney D. A. He S. Z. Huang D. C. S. Xiong H. Cui Y. Busman T. A. McKeegan E. M. Krivoshik A. P. Enschede S. H. Humerickhouse R. J. Clin. Oncol. 2012;30:488–496. doi: 10.1200/JCO.2011.34.7898

18. Roberts A. W. Davids M. S. Pagel J. M. Kahl B. S. Puvvada S. D. Gerecitano J. F. Kipps T. J. Anderson M. A. Brown J. R. Gressick L. Wong S. Dunbar M. Zhu M. Desai M. B. Cerri E. Heitner Enschede S. Humerickhouse R. A. Wierda W. G. Seymour J. F. N. Engl. J. Med. 2016;374:311–322. doi: 10.1056/NEJMoa1513257.

19. Stilgenbauer S. Eichhorst B. Schetelig J. Coutre S. Seymour J. F. Munir T. Puvvada S. D. Wendtner C. M. Roberts A. W. Jurczak W. Mulligan S. P. Böttcher S. Mobasher M. Zhu M. Desai M. Chyla B. Verdugo M. Enschede S. H. Cerri E. Humerickhouse R. Gordon G. Hallek M. Wierda W. G. Lancet Oncol. 2016;17:768–778. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30019-5.

20. Beltramo M. Mini-Rev. Med. Chem. 2009;9:11–25. doi: 10.2174/138955709787001785. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

21. Thornberry N. Weber A. Curr. Top. Med. Chem. 2007;7:557–568. doi: 10.2174/156802607780091028.]

22. Roecker A. J. Cox C. D. Coleman P. J. J. Med. Chem. 2016;59:504–530. doi: 10.1021/acs.jmedchem.5b00832.

23. Sugihara K. Kitamura S. Sanoh S. Ohta S. Fujimoto N. Maruyama S. Ito A. Toxicol. Appl. Pharmacol. 2000;167:46–54. doi: 10.1006/taap.2000.8979.

24. Arshad Z. Smith J. Roberts M. Lee W. H. Davies B. Bure K. Hollander G. A. Dopson S. Bountra C. Brindley D. Expert Opin. Drug Discovery. 2016;11:321–332.doi: 10.1517/17460441.2016.1144587.

25. Fernandez J. M. Stein R. M. Lo A. W. Nat. Biotechnol. 2012;30:964–975. doi: 10.1038/nbt.2374.

26. Waring M. J. Arrowsmith J. Leach A. R. Leeson P. D. Mandrell S. Owen R. M. Pairaudeau G. Pennie W. D. Pickett S. D. Wang J. Wallace O. Weir A. Nat. Rev. Drug Discovery. 2015;14:475–486. doi: 10.1038/nrd4609

27. 40.Rauch J. Volinsky N. Romano D. Kolch W. Cell Commun. Signaling. 2011;9:23. doi: 10.1186/1478-811X-9-23.